《任天堂明星大乱斗：特别版》提供了三种不同的手柄操作玩法，包括任天堂 Game Cube 的操作、Switch Pro 手柄操作和 Joycon 的操作。下面对三种操作方式的按键配置进行介绍。
任天堂 Game Cube 手柄操作：
| 左摇杆 | 移动 |
| 十字 | 挑衅 |
| A | 攻击 |
| B | 必杀技 |
| C摇杆 | 吹飞攻击（猛击） |
| Y、X | 跳 |
| L、R | 护盾防御 |
| Z | 抓投 |
| START | 暂停 |
Switch Pro 手柄操作和 Joycon 操作：
| 左摇杆 | 移动 |
| 右摇杆 | 吹飞攻击（猛击） |
| 十字 | 挑衅 |
| A | 攻击 |
| B | 必杀技 |
| Y、X | 跳跃 |
| L、R | 抓投 |
| ZR、ZL | 护盾防御 |
| +、- | 暂停 |
| 截图按钮 | 截图 |
键位改动操作方法：
这次游戏中玩家可以在界面右边菜单的「选项」→「按键」 里面进行键位修改，除了按照上述表格中提供的默认操作方式以外，通过修改键位来使用自己最熟悉的操作形式是很重要的。
建议在选项里把「振动」「同时按键发动猛击」「快弹跳跃」三项都关闭。
关闭振动是因为如果玩家需要专心挑战的时候，手柄振动可能会令玩家分散精力，如果你比较喜欢体验振动感，可以不关；
「同时按键发动猛击」指的是输入方向+攻击的时候会形成猛击攻击，但由于游戏中通过轻推方向+攻击还有特殊技能攻击，两者会产生冲突，因此建议关闭，而采用右摇杆使用猛击；
「快弹跳跃」指的是向上输入摇杆就会跳跃，如果你不想因为误碰摇杆方向而起跳，建议关闭而仅适用按 X、Y 键起跳。